隨著科學研究的進展，人們越來越確定人身上所帶有的基因，相較於人體內微菌叢基因只是很小的一部分，也因此，人體內微菌對於人體健康及疾病扮演的角色越來越受重視，過去十幾年來，隨著美歐等國紛紛展開大型國家層級的微菌叢相關研究，尤其是搭配近幾年次世代定序技術的進步，基因體學的研究技術在提升人體微菌叢研究的定性定量研究量能，已是各國兵家必爭之地。而對於此一甫於發展萌芽期的研究領域，尤其是在進行總體基因體學分析研究所遭遇的高通量資料處理分析及多樣態的研究變異時，在包括演算分析、統計評估、標準化、研究信效度等生醫資訊方法均仍有待更進一步的有效解決方案，此外，受定序分析的敏感性及穩定性影響，前端的微菌叢樣本的收集、保存、處理、確效等亦是影響後端定序分析重要的決定要項，另對於實驗室中無法培養的菌種，更需要找到可行的生物試驗方法以利提供未來可能的研究方向。